BOOT.ini es el archivo encargado de informar al cargador de arranque NTLDR los sistemas operativos Windows instalados en una computadora, éste archivo puede modificarse, y permite muchas modificaciones, mediante parámetros.
Algunos conocidos:
/safeboot (modo seguro)
/basevideo (modo VGA)
Este sistema se utiliza en las versiones NT pre-VISTA (ahora se utiliza Winload.exe y Windows boot manager)
El mejor artículo sobre BOOT.Ini (de indispensable lectura).